国家粮食安全和宏观调控严重受影响。(三)破坏了城市建设规划农村集体土地自发入市流转具有自发性、盲目性，目前基本上还处于一种自发、无序、缺乏管理的状态。在农地自发入市过程中，占用集体土地的目的往往是“非公共利益”，并且被占用的集体土地几乎都是零星散碎地进入市场。同时，这类土地的占用还给城市的后续发展埋下隐患，加大了今后城市规划与建设的成本。
伴随城市化进程的推进和房地产市场的快速发展，近年来在许多城镇，尤其是城郊接合部，出现了农村集体土地自发(或隐性)变为建设用地并进入市场流通的现象。其途径大致有：
1、集体土地所有者或使用者直接或以联建、联营为名从事房地产开发，修建住宅，商铺出售给集体经济组织外的人员，引致土地使用权转移;
2、借农业产业结构调整之名，直接将集体土地出租给集体经济组织之外的单位或个人进行非农业建设，收取租金盈利;农民个人出租或变卖住房，引致土地使用权转移;
3、农村集体经济组织直接或从农民手中回租承包地，然后再以较高租金转租给他人进行非农业建设;
、集体土地所有者或使用者将其建设用地或连同厂房自发地运用转让、转租或联营、联建、作价入股等方式将集体土地用作城市房地产开发，搞“招商引资”，引致土地使用权转移;
5、不同地块进行重新配置，有在同用途土地之间置换的，也有在不同用途土地之间进行置换的;
6、集体建设用地使用者将土地使用权作为融资的担保包括以土地上建筑物抵押连带土地使用权抵押等情形。
由上述情况可以看出，农村集体土地出租的危害：
(一)产权无保障，交易不安全
在目前的法律环境下，“擅自将农民集体所有的土地的使用权出让、转让或者出租用于非农业建设”，仍然是国家严格限制的行为;在审判实践中，擅自出租集体土地使用权行为也多被法院认定为无效行为。
(二)耕地保护受到冲击，耕地占补平衡难以实现
大量“以租代征”事实的发生，农村集体建设用地数量剧增，耕地甚至基本农田大量流失，国家无法切实控制住新增建设用地供给，长此以往国家粮食安全将受到威胁，耕地红线将被突破。国家粮食安全和宏观调控严重受影响。
(三)破坏了城市建设规划
农村集体土地自发入市流转具有自发性、盲目性，目前基本上还处于一种自发、无序、缺乏管理的状态。在农地自发入市过程中，占用集体土地的目的往往是“非公共利益”，并且被占用的集体土地几乎都是零星散碎地进入市场。农地的自发入市流转，不能遵循市场经济规律重新配置，直接导致土地利用混乱。再加上，农地自发入市流转游离于土地市场管理之外，土地隐形交易大量存在，尤其在城乡接合部，不按规划用地，乱搭乱建，造成田地结构和布局十分混乱。同时，这类土地的占用还给城市的后续发展埋下隐患，加大了今后城市规划与建设的成本。
(四)破坏了土地市场公平机制，加大了土地市场管理的难度，不利于土地市场发展