高昌城奠基于公元前一世纪，是西汉王朝在车师前国境内的屯田部队所建。公元前48年，西汉政府始于吐鲁番“置戊己校尉，使屯田车师故地”，于高昌设据点，称“高昌壁”。公元316年西晋亡后，高昌为前凉领地。公元442年9月，沮渠氏北凉政权统一了高昌地区，据高昌为政治中心。公元460年，高昌独立建国，高昌城正式成为国都。墙体残损严重，表面普遍存在裂隙。
高昌故城为1961年3月4日国务院公布的第一批全国重点文物保护单位。
高昌故城位于新疆维吾尔自治区吐鲁番市东面40公里的火焰山脚下，是新疆境内最大的一座历史文化名城。
高昌城滥觞于西汉时期的屯垦戍堡，从军事据点发展为郡县级城市和地方政权的都城(间或为中央政权辖属的州县)，大致经历了高昌壁、高昌郡城、高昌国都、唐西州城、回鹘高昌及高昌回鹘国都五个历史时期。至明初城址废弃，历经1400余年。公元前48年，西汉政府始于吐鲁番“置戊己校尉，使屯田车师故地”，于高昌设据点，称“高昌壁”。东汉安帝延光二年(公元123年)，改名为“高昌垒”，隶属凉州敦煌郡。公元316年西晋亡后，高昌为前凉领地。建兴十五年(东晋咸和二年，公元327年)，在该地设高昌郡。公元376年之后，高昌先后隶属于十六国的前秦、后凉、段氏北凉、西凉、沮渠氏北凉政权。公元442年9月，沮渠氏北凉政权统一了高昌地区，据高昌为政治中心。公元460年，高昌独立建国，高昌城正式成为国都。公元640年，唐灭高昌国，以其地置西州，高昌为西州治所，同时亦为高昌县治所。公元792年，西州陷于吐蕃。公元866年，北庭回鹘首领仆固俊攻占西州并在其地立国建都，史称“西州回鹘”或“高昌回鹘”。公元十二世纪时，高昌回鹘一度处在西辽统治定;十三世纪初又成为元朝附庸国。公元1283年前后，高昌回鹘王室被元朝东迁至甘肃永昌，亦都护高昌王名义上仍保持对高昌地区的统领权，但高昌城从此逐渐失去了政治经济中心的地位。公元1383年，黑的儿火者即位为别失八里察合台汗，率军对吐鲁番地区进行“圣战”，强迫当地居民信奉伊斯兰教，高昌城因此毁于战火。
高昌故城现存有外城、内城和宫城三部分城墙的遗址。
外城城墙：平面轮廓呈不规则方形。周长约5440米(北墙1320米、西墙1370米、南墙1420米、东墙1320米)，围合面积198公顷(以城墙外缘计)。各面城墙保存状况不一，约有一半以上的墙体残损严重，墙体普遍存在裂隙。墙体大多残缺，可见多次修补贴筑痕迹，上部多处以土坯补砌。残存的墙基厚9～12米，墙体最高约达10余米。墙体以夯土筑成，夯层厚8～12厘米，留有上下数层絍木孔，孔内衬土坯，呈方孔状。墙体外附墩台、马面，做法与城墙相同。
内城城墙：东墙缺失;西墙北段仅存数段残墙;南段有墩台状遗址，残高约8米，占地面积2500平方米。墙体掏挖、穿行现象严重;南墙西段残缺，中段与东段仅余缺损严重的墙体残段;北墙残存西端及中段，周长约3420米，围合面积约80公顷;残存的墙基厚10～11米，高度不等。墙体夯土筑成，可见上下数层絍木孔痕迹。墙体残损严重，表面普遍存在裂隙。
宫城城墙：现状仅存南、北、西三面，东墙缺失，规模不详。墙体均为夯土，可见絍木孔痕迹，残高6～8米。
高昌故城遗址座落在吐鲁番盆地北缘与火焰山南麓戈壁滩接壤的冲积平原地带，周围地势平展。气候属于典型的大陆性暖温带荒漠气候，日照充足，热量丰富，降水稀少，极端干燥。全年平均气温14.1℃;年平均日照3049.5小时;高温期长;温差大，平均温差14～15℃;极端最高气温47.7℃;无霜期在220天左右;年降水16.6毫米，蒸发量在2800毫米以上，空气湿度30%左右。