石窟始建于北凉，由胜果寺、普光寺、千佛洞、金塔寺、上、中、下观音洞七处组成，共有70余处窟龛。马蹄寺石窟是一规模宏大的石窟群体。它包括七个小石窟群，迤逦近三十公里，是国家级文物保护单位。马蹄寺石窟群，包括千佛洞、南北马蹄寺、上中下观音洞和金塔寺七个小石窟群。马蹄寺的又一次被破坏发生在动乱的十年革命时期，不仅寺中石窟、壁画、佛像几乎被毁坏殆尽，而且石窟外的建筑则更是荡然无存。
马蹄寺位于肃南裕固族自治县境内，是集石窟艺术、祁连山风光和裕固族风情于一体的旅游区。石窟始建于北凉，由胜果寺、普光寺、千佛洞、金塔寺、上、中、下观音洞七处组成，共有70余处窟龛。马蹄寺石窟是一规模宏大的石窟群体。它包括七个小石窟群，迤逦近三十公里，是国家级文物保护单位。民间传说：天马下凡时一蹄落在了这里的一块岩石上，踩下了一只蹄印，寺院由此而得名。马蹄寺石窟群，包括千佛洞、南北马蹄寺、上中下观音洞和金塔寺七个小石窟群。每个小窟群，多的有三十余窟，少的有两窟，总共有七十多窟。
这些石窟中最早的建于晋代，是敦煌人郭某及其弟子所凿，先为郭的隐居讲学处，后人增塑像佛，鼎盛时期曾有僧众三百多人。
到了明朝永乐年间改名普光寺，寺内原存的金鞍、龙袍，系清代乾隆赐给的御物。马蹄石窟由于历史悠久，同敦煌的莫高窟、安西的榆林窟齐称为河西佛教胜地的三大艺术宝窟。马蹄寺石窟群，从东晋以来，历经北魏、北周、隋、唐、宋(西夏)、元、明、清、民国到现在有1600多年的历史，它是省历史悠久、艺术价值很高的文物古迹之一,马蹄寺石窟的独特之处在于千佛洞有500多个摩崖佛塔窟龛，规模宠大;是体验草原游牧民族独特的生活方式和文化特色。
马蹄寺，也叫普光寺，建于东晋十六国时期的北凉，距今已逾1600年，然而令人痛惜的是，由于当时的北方军阀割据，混乱一片，加之历代王朝更替，战火绵延，马蹄寺原有规模宏大的建筑群多被毁于战火之中，这其中就包括金塔寺、千佛洞、南北马蹄寺、观音洞以及众多石窟等。
马蹄寺在北凉时期，最早为汉传佛教寺院，后来逐渐成为藏传佛教寺院，属于藏传佛教格鲁派青海东科尔寺的属寺，寺院自建寺以来，香火就极为鼎盛，最盛时的僧众可达1000余人，而建国初期僧众也尚有50余人，足可见历史上马蹄寺的辉煌。
马蹄寺的又一次被破坏发生在动乱的十年革命时期，不仅寺中石窟、壁画、佛像几乎被毁坏殆尽，而且石窟外的建筑则更是荡然无存。马蹄寺所存的三十三天石窟、马蹄印石窟、藏佛殿石窟、胜果寺、千佛洞石窟等，多为改革开放之后重新修复，而寺中主要的建筑如大雄宝殿、站佛殿、观音殿、药师殿等多为明万历年间旧迹，实为不幸中之大幸，这些殿阁虽经历百年风雨侵袭，但仍巍峨屹立于百丈悬崖之上，令人不禁惊叹古人卓越的建筑技艺，给人以视觉与心灵的巨大震撼，而寺中收藏的晋代的站佛、北魏时的文殊菩萨宝剑、清康熙帝的龙袍、乾隆帝的马鞍等众多文物，更令人感叹历史风雨沧桑和马蹄寺曾有的辉煌。