由于经济适用房没有缴纳土地出让金，所以在交易时，需要补交土地出让金，这样就能交易了，土地出让金只用交一次，未来再转手时，不用再交。有些经济适用房可能是已经交易过的，或者房东去换过不动产权证书的，是已经缴纳过土地出让金，这种情况下，过户时就不要缴纳土地出让金了。购房者在购买二手经济适用房时，一定要了解清楚能否过户、由谁承担土地出让金等问题，否则很容易出现纠纷。
1、建设目的不同：经济适用房的建设目的是解决低收入家庭的住房困难，商品房的目的是盈利;
2、土地性质不同：经济适用住房占用的土地由政府按照国家优惠政策无偿划拨，商品房建设用地需要经过公开招标，在一定期限内取得土地使用权;
3、定价不同：经济适用房的销售价格会受到政府政策的引导，而商品房的价格一般由开发商自己决定;
4、购房资格的不同：大多数人都有商品房的购房资格。而经济适用房申请有严格的标准和审查程序;
5、产权限制的不同：经济适用房的产权会受到一定的限制，而商品房不受限制。
经济适用房能不能买是需要看情况的。这里就不说新的经济适用房了，因为新的经济适用房肯定是能买的，这里主要说二手经济适用房。如果经济适用房拿到了房产证，并且满足了上市交易的条件，这样的经济适用房是可以买的。如果经济适用房没有拿到房产证，或者还不满足上市交易的条件，这样的经济适用房不要买。
经济适用房一般需要拿到产权证5年后才能上市交易，在5年之内，就算拿到了产权证，房屋的产权仍是被限制的，不能在房管所办理过户手续。如果经济适用房满足了上市交易的条件，在购买之前，需要了解经济适用房在过户时需要缴纳多少土地出让金，土地出让金由房东承担，还是由购房者承担。由于经济适用房没有缴纳土地出让金，所以在交易时，需要补交土地出让金，这样就能交易了，土地出让金只用交一次，未来再转手时，不用再交。有些经济适用房可能是已经交易过的，或者房东去换过不动产权证书的，是已经缴纳过土地出让金，这种情况下，过户时就不要缴纳土地出让金了。购房者在购买二手经济适用房时，一定要了解清楚能否过户、由谁承担土地出让金等问题，否则很容易出现纠纷。