学校成立于1956年,是新中国在少数民族地区最早建立的高等医学院校之一,当时隶属于国家卫生部,1958年划归内蒙古自治区管理。前身为内蒙古医学院,2012年,经教育部批准,更名为内蒙古医科大学。2017年,成为内蒙古自治区人民政府、国家卫生计生委、教育部共建高校。2018年,经国务院学位委员会批准成为博士学位授予单位。
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