学校设18个二级院部和8个事业单位。黑龙江省“头雁”团队6个。“十三五”以来，主编教育部、卫健委规划教材及再版规划教材44部。获批教育部卓越医生教育培养计划改革试点项目3项。“十三五”以来，学校获得各级各类科研项目5014项，科研经费总额达到7.55亿元。黑龙江省医学科学院获得各级各类科研课题83项，其中，主持国家科技部项目5项，参与国家科技部项目18项，省级项目60项，科研经费总额达到1.69亿元。
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