敦煌石窟文物保护中心位于莫高窟，由日本政府无偿援建，于2023年2月开工，2023年3月落成，是中华人民共和国和日本国友好的象征。有人不解，游客的增加可以为敦煌莫高窟带来更多的门票收入，应该是一件令人高兴的事情，樊锦诗为何还不乐意。为了保护，樊锦诗甚至抵制了来自各方的压力。但是并不是说，为了保护敦煌，就不允许游客观看。经过仔细测算和研究，樊锦诗认为莫高窟每天接待3千游客是最合理的数值。
敦煌研究院院长樊锦诗1963年从北京大学毕业至今，为敦煌研究事业奉献49年，被誉为“敦煌女儿”。作为全国政协委员，她在接受记者采访时，谈起敦煌莫高窟的保护和利用，感到很为难：一面要让更多游客观看、一面是承载量有限，如何平衡，着实难解。
敦煌莫高窟营造于公元4世纪至14世纪，作为人类的文化瑰宝，历经千百年来自然侵蚀和人为的破坏，文物本体和环境都十分脆弱。敦煌历史悠久，文化灿烂，1979年对外开放以来，不断吸引着来自世界各地的参观者，可随着游客的逐年增多，狭小洞窟和脆弱的壁画开始不堪重负。现实的情况是游客越来越多，现在旺季游客数量经常在每天5千人以上，“有时候6千、7千向上冒，去年十一黄金周有两天甚至超过了1万人，看着这个数字，我心里真的直打鼓。”樊锦诗说。有人不解，游客的增加可以为敦煌莫高窟带来更多的门票收入，应该是一件令人高兴的事情，樊锦诗为何还不乐意。“送钱来，我当然高兴，但是我不能为了钱不顾敦煌的安全啊，知道么，这是个矛盾。”在樊锦诗看来，游客过量对敦煌壁画和洞窟的伤害并不能马上显现出来，这是一个日积月累的过程，一天两天看不出来，一年两年也不容易发觉，但时间长了就显现出来了。
比如拿出十年前的照片和现在的照片，仔细比对一下，就会发现在颜色等方面就会有细微的变化。敦煌莫高窟的洞穴一般比较小，大的才20平方米左右，小的甚至只有几平方米，游客的增多，带来的温度、湿度、二氧化碳的不断变化，都会影响壁画和洞窟。为了保护，樊锦诗甚至抵制了来自各方的压力。樊锦诗告诉记者，有一段时间，相关部门甚至提出了要将敦煌莫高窟上市，进行充分的市场开发;还有部门甚至提出意见，将敦煌莫高窟的所有权、管理权、经营权分开，等等。
但是在樊锦诗的努力之下，这些方案和建议都被有惊无险地破解了。“这是绝对不能上市的，全世界的文化遗产就没有上市的;我们国家也是有规定的，《文物法》修改后，也有规定，文化遗产不能用于经营，因为一旦进入市场，就会以追逐利润为目的，到时候何谈保护。”但是并不是说，为了保护敦煌，就不允许游客观看。经过仔细测算和研究，樊锦诗认为莫高窟每天接待3千游客是最合理的数值。超过这个数量，对于洞窟和壁画等就会有伤害。但考虑到地方政府要发展，樊锦诗迟迟没有对外公布这个数据，但是她明确告诉记者，“这个数字我是一定要向外公布的，为了在现有条件下尽量保护敦煌这个全世界的文化遗产，樊锦诗采取了很多的措施。比如在洞窟里安装从美国进口的最先进传感器，随时测算洞窟内的温度、湿度等各项数据，一旦超标，马上关闭，让这些洞窟能够得到必要的休息。
为了减轻洞窟和壁画的压力，目前莫高窟还在修建数字的游客中心，让游客可以通过球幕等立体、三维图形观看莫高窟的洞窟和壁画，在开放洞窟的同时，分流游客。这个项目将于2013年底完工。“到时候，一天最多就可以接待6千游客。”“我们希望大家能理解，全世界就一个敦煌，她不能超负荷运转，这样很不利于保护，是要完蛋的，为了让她能够持久地利用，同时留给子孙后代，我们要适度保护。