便常以自己的思维晋祠的选址和环境是非常讲究的。这种传统建筑与自然的和谐关系，在晋祠表现得尤为突出。晋祠是以泉渠水系构景的佳例。中部水镜台、会仙桥、金人台、对越坊、献殿、鱼沼飞梁、圣母殿排列于主轴线上，后以欢喜岭上望川亭作为终止符。在山川自然之中，祠宇因地制宜，“度高平远近之差，开自然峰峦之势。”
晋祠的选址和环境是非常讲究的。自古而今，大自然不单单是人类生活物质的源泉，也是人类心智交流的对象，是人们精神的象征。“智者乐山、仁者乐水”，此话赋予自然比拟人化的道德属性，并使自然之美带上了约定俗成的文化内涵。这种传统建筑与自然的和谐关系，在晋祠表现得尤为突出。自然本身就是人类最初祠祀的主要对象之一，除一般的地形、朝向、日照、防风、防洪、排水、交通等条件外，用山之峻峭，以壮其势;用水之波涛，以秀其姿，并进而增强其神秘气氛。故山神近山，水神近水，利用优势的自然条件，依山傍水，背风向阳，居高而筑，也就成了古代建筑的鲜明特色。
依山作势:高山犹如通天之路，能出风云，导雨水，润大地，长万物，育人类。所以人类与山有着自然的缘分。一方面是人对赖以生存的山林环境的热爱，另一方面是人对高山深谷、洪水猛兽的畏惧，故人们视之为神灵。《礼记·祭法》云：“山林川谷丘陵，能出云，为风雨，见怪物，皆日神。”春秋时期诸子百家的言论中，也出现了吟颂山水，景仰山水，借山比君子之德，借水喻仁人之美的山水观念。
晋祠被选择了晋阳城西南的悬瓮山麓，背负悬山，面临汾水，依山就势，利用山坡之高下，分层设置，在山间高地上充分地向外借景，依地势的显露，山势的起伏，构成壮丽巍峨的景观。山坡上的建筑处于视觉注意力集中的焦点，其整体趋势与山体内在的向上的趋势相呼应，获得了优美的天际廓线。
凭水添姿：在人类的生活中恐怕再没有比水与人的关系更加密切的了。在古代，人们创造了许多美丽的传说，并根据自己的喜好、想象来塑造其形象，利用人们对水的崇拜来增强其信仰，结合水的形态，运用波光倒影和水质水声、烘托意境，取得理想的效果。也许是由于水的纯洁、永恒、神圣的原始观念，无论东方或西方在宗教和纪念性建筑前，常设一方池水或一湾流水，来作为神俗之间的勾通。
晋祠是以泉渠水系构景的佳例。水母楼建于晋水源头“难老泉”之上，并附会“柳氏坐瓮”的美丽传说。泉水从其座下涌出，楼前一八角攒尖泉亭，再下用人字堰南北三七分流，水中不系事。中部水镜台、会仙桥、金人台、对越坊、献殿、鱼沼飞梁、圣母殿排列于主轴线上，后以欢喜岭上望川亭作为终止符。南部台骀庙、公输子祠、三圣祠、同乐亭，北部苗裔堂、朝阳洞、唐叔虞祠、关帝庙、东岳庙、文昌宫环周布置。这些建筑群或依山、或临水、自成小院，亭桥殿阁、水榭楼台穿插其间，渠水在建筑之间蜿蜒曲折，叮咚作响，与建筑交织在一起，沿渠组成一组组美丽的风景，给庄严肃穆的祠庙平添了几分灵气与动感。
因高借远：由于古人崇拜天而形成的传统观念的影响，高给人以接近天的神秘想象力，同时高也是表达雄伟形象的方法之一。在山川自然之中，祠宇因地制宜，“度高平远近之差，开自然峰峦之势。”依地形及景观的轮廊特征，巧为辅高设，将建筑对自然的适应与景观中优美的轮廊相统一，“因其高而愈高之，竖阁磊峰与峻坡之上;因其卑而愈卑之，穿塘凿井于下湿之区。”由于建筑手段在表达纪念性、象征性上，不像其它艺术手段那样可以具体描绘，所以往往用崇高、伟大等概念来表达，祠宇选择于高坡之上，以增强其崇高，便是这样的道理，从工程方面来讲，挖填的土方量也近于平衡，是最为经济的，而祠庙中又具备了深远丰富的层次，以至能近观咫尺于目下，远视千里于眼前。