历史上，违反中法条约的非法传教多经波折。对于盐井天主堂的兴建，有许多不同说法。也有资料称，盐井天主堂始建于1862年。据说杜仲贤赴南京向中央政府求助但未果，便返回盐井希望继续传教，但再遭刚达寺驱逐。自此，外国传教士在盐井的非法传教历史终结。1951年，天主教教民向昌都地区人民解放委员会申请，经该委员会主任邦达多吉等人调解，教堂再度成为天主教教民的宗教活动场所。1997年，上盐井村28岁的鲁仁第成为首位藏族天主教神父。
盐井天主教堂位于芒康县上盐井，国道214线旁，占地面积6000多平方米。1855年由法国传教士创建
教堂所在地百分之八十的村民信奉天主教，现有一位当地藏族神父主持教务，他叫鲁仁第。吟诵译成藏文的《圣经》。信徒由神父取名，名字多与欧洲人相似，丧事也按天主教的仪轨进行安葬，是西藏唯一的天主教堂。
天主教1865年传到盐井，至今已有近一个半世纪了，自1865年至1949年历经17位外藉本堂神父。首次打开这种局面来到盐井传教的有两位神父(邓德亮神父和比神父)。两位传教士经过长途跋涉，翻山越岭从之南贡山的朋卡来到现在盐井的根拉村，并在根拉村住了一段时间，当时群众中已有信教的人，1865年从贡格喇嘛手中买下了上盐井的这块地皮，并盖起了教堂，有十五间的住宿。据说那时候盐井并没有多少户人家，很多地方是未开垦之地，至此这两位神父在上盐井有了自己的栖身之处，这也成了二位神父传教生涯中的里程碑和转折点。
后来又盖起了非常壮观的西式教堂(当时用英文传教)，从此教徒们慢慢聚集在上盐井落户，教堂也随之逐步扩大，传教士们不仅在灾难之中渡过难关恢复了教堂，而且还解决了群众住房等问题，让群众安居乐业，使他们逐步了解了天主教的文化内涵。经过岁月的蹉跎，盐井不仅在传教上取得了成果，而且与巴黎教会区域的教士取得了联系。因当时四川甘孜的康定、道浮、芦霍、巴塘等都有了属于巴黎教会的传教区，也有他们的同道，这样他们就得到了人员和物质上的帮助，后来经过他们的不懈努力，终于把三省一区(藏区一带)所有的教堂融合为一个教区，教区设立在巴塘，后因多种原因教区搬到康定，教区专门设立藏文学校，让传教士上学学习藏文，这样可以更好地为藏族同胞传教。上盐井教堂第四位本堂神父叫尼德龙，他的成绩最显著，他不仅翻译了大量的藏文经书，而且设立了夜校，聘请本地的老师为信徒授课，让他们认字，自己翻译藏文经书，他的这一行动不仅提高了信徒的素质，而且增加了信徒的数量，从而天主教在本地的地位和影响越来越大，信徒越来越多，天主教在盐井蓬勃的发展起来了。
早在中世纪，传说喜马拉雅山以北有个约翰长老的王国，不少传教士试图翻越喜马拉雅山到这个失落的王国传福音。从17世纪开始，便有传教士来到西藏传教。历史上，违反中法条约的非法传教多经波折。对于盐井天主堂的兴建，有许多不同说法。有的说，1855年法国传教士邓得亮在盐井创建天主教堂。也有资料称，盐井天主堂始建于1862年。还有其他史料称，1879年10月，一位姓白的法国传教士进西藏传教，首先在盐井传教，1880年赴巴塘会合已在当地的比特(A.Biert)神父，1887年自巴塘被驱逐后，赴打箭炉，又辗转来到盐井，1894年8月在盐井逝世。另外，1991年，刘君在《西藏研究》上发表论文《康区外国教会览析》称:"盐井教堂为19世纪60年代法籍吕司铎开办，有信徒342人。"
清朝史书称，在西藏噶厦及拉萨三大寺、清政府及英国、俄国的压力下，1865年9月至10月，法国传教士从西藏东部的察瓦博木噶被驱逐出西藏边境(即被驱逐出西藏噶厦控制区)，从已经营十多年的察瓦博木噶殖民传教据点完全撤离。1986年，熟悉盐井天主教堂历史的阿色老人回忆称，撤离察瓦博木噶的传教士很快便来到盐井，继续传教。所以天主教传入盐井的时间可视为1865年9月至10月。首位来盐井的传教士是毕天祥(BietFelix)。
到西藏的传教士只能在西藏的东南一隅即盐井传教。传教士在盐井为村民看病，随后有两三个村民成为天主教徒，这是盐井的第一批天主教徒。1850年代至1860年代，传教士在上盐井强买下地皮，创建教堂，发展教徒，开设圣徒药房。传教士还带来法国葡萄酒酿造技术，如今盐井人依然自酿葡萄酒。
外国传教士在当地传播天主教曾受到当地藏传佛教僧俗及西藏传统势力的强烈反对，从盐井天主教堂建立到1940年代该教堂与刚达寺的最后一次冲突，该教堂共有15任神父，其中7任被杀害。在西藏和平解放前，天主教徒因为他们是洋人"古达"(藏语"古达"意思是奴颜，形容摇尾乞怜的狗)且常常欺压乡邻，受到佛教徒嘲笑，。
1940年代，上盐井天主教与刚达寺发生至今为止最后一次冲突。因为天主教先后受到清廷及中华民国政府与当地驻军的保护，天主教的势力越来越大，原属刚达寺的土地被教堂逐步侵吞，原先信奉佛教的民众大批被迫皈依天主教，导致刚达寺及其信徒强烈不满。1940年代，该教堂神父杜仲贤被刚达寺的武装僧人强行驱逐出上盐井天主教堂。据说杜仲贤赴南京向中央政府求助但未果，便返回盐井希望继续传教，但再遭刚达寺驱逐。他和当地教民多尔斯等人想通过察瓦碧土、扎玉、左贡等地到拉萨向西藏噶厦诬告当地佛教徒，但在盐井与察瓦碧土交界处的察瓦堆拉(即松拉山)山口图谋杀害刚达寺的武装僧人时反被杀，遗体被上盐井天主教徒葬在上盐井旧墓地。自此，外国传教士在盐井的非法传教历史终结。刚达寺重新占领被教堂占用的所有土地。
1951年，天主教教民向昌都地区人民解放委员会申请，经该委员会主任邦达多吉等人调解，教堂再度成为天主教教民的宗教活动场所。
1997年，上盐井村28岁的鲁仁第成为首位藏族天主教神父。此后，上盐井村每到重大节日便不再请云南等地的神父前来。2004年，鲁仁第还俗，但仍继续担任盐井天主教堂民管会主任的职务。继他之后担任神父的是丁耀华神父，丁耀华是云南省怒江傈僳族自治州贡山县人，藏族，1997年入陕西天主教神哲学院学习，2004年7月毕业，2005年8月11日晋铎之后到盐井天主教堂担任神父。2010年4月18日主日，西安南堂晚上专门安排为主教的弥撒，迎接丁耀华神父率领的盐井朝圣团教友一行32人，这是这些藏族教友今生第一次见到主教做弥撒。他们还朝拜了西安北堂、户县圣母山、眉县十字山