根据《劳动合同法》的规定，劳动合同只有在双方当事人遵循“合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实守信”的原则下签订才是合法有效的，规章制度只是企业单方面行使管理权的表现。由此，可以看出企业规章制度的地位应该比劳动合同低一些。
员工手册有法律效应吗？
员工手册是否具有法律效力主要取决于企业有没按照法定程序和符合法律法规的要求进行制定，只要按照劳动法的相关规定进行制定，履行了相关程序，员工手册则有效。
一、制定员工手册的程序
依据《劳动合同法》第四条的规定，用人单位在制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
同时通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。因此员工手册如果按照上述程序制定，不违法则具有法律效力。
二、制定员工手册的注意事项
从法律意见上来讲，在这些程序中，没有明确规定员工是否签字，一般经过上述程序后，并没有规定员工必须签字。从实践操作角度讲，企业或公司最好让劳动者在员工手册上签字确认。企业在用工方面，在系统规范的制定员工手册等规章制度时，更应注意使其产生法律上意义。
三、防止员工手册出现无效的措施
1、要将《员工手册》公布在企业的会议室、办公大堂或公告栏内；
2、员工应聘入职时，公司将《员工手册》和劳动合同等一并交付给员工，并要求员工签字确认；
3、将《员工手册》公布在企业的内部网站上，每个员工皆可以通过公司网站进行查询、查看，或者将《员工手册》通过电子邮件，向每一名员工送达；
4、员工应聘入职时，对员工进行任职前培训，培训内容包括对《员工手册》内容的培训。
员工手册对一个企业的管理起着非常重要的作用，同时指引职工的行为，是一个不可或缺的公司文化。因此了解清楚员工手册是否具有法律效力，可以帮助员工更好地维护自己的权益。
员工手册与劳动合同冲突怎么办？
实践中，用人单位合法制定的《员工手册》等一些规章制度经常视为劳动合同的附件，在劳动合同中通常会约定“《员工手册》及其他规章制度是本合同不可分割的一部分……”等条款。但是劳动合同的效力往往大于员工手册的效力。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)》第十六条规定：用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。
注意：
只要不违反法律限制性规定，劳动者就负有遵章守纪的义务。
用人单位和劳动者双方签订劳动合同确立劳动关系后，双方就存在一定意义上的附属关系，即劳动者需要服从企业的指挥、安排与监督。企业制定的《员工手册》等规章制度就是对劳动者行使管理权的一种方式，法律法规也赋予企业这种自主管理自主经营的权利。
然而，企业合法的规章制度虽然可以视为劳动合同的附件，但是它并不能变更或者代替合同中双方已经明确约定的内容。《员工手册》等规章制度只是对劳动合同中没有约定或者约定不具体不明确的内容起到一个补充作用。
根据《劳动合同法》的规定，劳动合同只有在双方当事人遵循“合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实守信”的原则下签订才是合法有效的，规章制度只是企业单方面行使管理权的表现。由此，可以看出企业规章制度的地位应该比劳动合同低一些。
实践中，有些规章制度的内容经过几次修订后比劳动合同的约定更具合理性，遵照规章制度执行显使企业管理更加顺畅。此时，当《员工手册》等规章制度的内容与劳动合同内容有冲突或不一致时，如果用人单位需要劳动者遵照规章制度内容执行，应当先征得劳动者本人的同意。如果劳动者同意按照规章制度执行，也应当不要忘了协商变更劳动合同的内容，以免今后发生不必要的争议。
从上文可得知，如果员工手册在于劳动合同产生冲突后，一般是按照劳动合同中的规定履行的，员工手册只是对劳动合同的一个补充，所以劳动合同在上，员工手册在下。